شیخ میرزا محمد حسین فرزند شیخ الاسلام عبدالرحیم نائینی، از دانشمندان و مراجع بزرگ شیعه بود که در نائین
اصفهان تولد یافت، علوم مقدماتی را در شهر
نائین فراگرفت و آنگاه برای تکمیل معلومات خود به اصفهان رفت و بعد از کسب علوم دینی و ادبی به عراق رفت و در محضر درس و بحث علمای بزرگی چون میرزای شیرازی، آخوند ملا محمدکاظم خراسانی شرکت کرد. به زودی از یاران نزدیک میرزای شیرازی و آخوند ملا کاظم گردید.
شیخ میرزا محمد حسین پس از کسب علوم اصول فقه به فراگرفتن فلسفه و کلام پرداخت و در علوم و مسائل اجتماعی نیز تبحر یافت.
“... شیخ میرزا محمدحسین از بزرگترین مراجع اهل نظر در قرن اخیر بوده، شخصیت علمی او را همه فضلا و علماء تصدیق می‌نمایند، در مقام علمی و دقت نظر این مرد بزرگ همین بس که امروز- جز چند نفری – تمام مراجع بزرگ شیعه و فضلاء کشور از افاضات علمی و رشحات فکری آن مرحوم استفاده کرده‌اند و به شاگردیش افتخار می‌نمایند.“
“مرحوم آیت‌الله نائینی از تلامیذ مرحوم آیت‌الله حاج میرزا حسن شیرازی و مرحوم آقا سید محمد اصفهانی بوده، در محضر درس آیت‌الله خراسانی از جهت احترام و ادب حاضر می‌شده، علاوه از قدرت فکری و نبوغی که در اصول و فقه داشته در فلسفه و کلام و اجتماعیات صاحب نظر و در خط و ربط و ادبیات بوده.
با استدلال و شمرده سخن می‌گفت، در درس و بحث و حرکات آرام بود، گونه کشیده و بینی و پیشانی بلند و برآمده و موی تنکش، فلاسفه یونان- سقراط و افلاطون- را می‌نمود، علمائی که از دوره
سامره با آن مرحوم نزدیک وبه دقت نظرش آشنا بودند- از جمله مرحوم پدرم مراجعین را به تقلید از آن مرحوم ارجاع می‌نمودند. در اواخر زندگی حس شنوائیش بسیار ضعیف شده بود، ولی اشتغال علمیش تعطیل نمی شد، در سن نزدیک نود سالگی در سال 1355 هجری وفات یافت. “شادروان آیت الله سید محمود طالقانی.
“از اعاظم محققین و از فحول علما و فقهای عصر حاضر به سال 1277 در نائین اصفهان ولادت یافت و... و نیز آن مرحوم مجتهدی قانع و از مال پرستی و نامجوئی دور و سخت بیزار بود و بسیار ساده زندگی می‌کرد و هر گاه به نماز می‌ایستاد لرزه و رعشه بر اندامش می‌افتاد و اشک از دیدگانش جاری می‌شد.“ اعلام الشیعه
“حاج میرزا حسین نائینی.... در بسیاری از بلاد اسلامیه مرجع تقلید شیعیان بود. علاوه بر رساله علمیه، کتاب تنبیه‌الامه و تنزیه المله نیز از آثار قلمی او می‌باشد که در اوایل نهضت مشروطیت ایران به فارسی تألیفش داده و آخوند ملاکاظم و حاج شیخ عبدالله مازندرانی تقریظاتی بر آن نوشته‌اند. “ریحانه الادب جلد6.
شیخ محمد حسین میرزای نائینی در دوران زندگی تلاش‌های آزادیخواهانه بسیار کرد. با یاری آخوند ملاکاظم مددهای فراوان به مشروطه خواهی نمودند و خلع محمد علیشاه را خواستار شدند“ میرزای نائینی علاوه بر رشته تخصص خود، در حکمت عملی دست دارد، با مدونات سیاسی زمان خویش آشناست، و نسبت به مسائل دوره اول حکومت مشروطه آگاه است.... نسبت به تعرض مغرب به کشورهای اسلامی حساس است و هشیاری ملی‌اش خیره کننده... در انتقاد سیاسی بسیار توانا است. این راه هم بگوئیم که مردی وارسته و بزرگوار بود. “ ایدئولوژی نهضت مشروطیت- دکتر فریدون آدمیت.
“....میرزا محمد حسن نائینی... همکاری همه جانبه‌ای در مبارزات مشروطه خواهی با آخوند خراسانی داشت. حتی به شهادت آنهائیکه با نائینی سروکار داشته‌اند اظهار می‌دارند که
تلگراف‌ها و اعلامیه‌های رهبران روحانی مشروطه خواه نجف را ایشان انشاء می‌کردند. نظام الدین زاده نیز نائینی را یکی از اعضای آن هیاتی از علما بشمار می‌رود که مامور تنظیم و ارسال تلگرافهای علمای عراق بودند و در 1312 در کاظمین گرد آمده‌اند تا به قصد اعتراض با اشغال ایران وسیله روس‌ها و انگلیس‌ها عازم ایران شوند...“ عبدالهادی حائری در مجله راهنمای کتاب.
میرزای نائینی تا پایان عمر سرسختانه ضد استبداد و ستمگری مبارزه می‌کرد. “عالم بزرگ و راستین مذهب ما میرزای نائینی دقیقاً نشان داده است که اسلام مخالف سرسخت حکومت استبدادی، بی‌عدالتی اجتماعی و استثمار اقتصادی است و از حریت و مساوات مالی و معاشی و آزادی بحث و گفتگو و آزادی نشر و تبلیغ عقیده به گونه‌ای پی‌گیر پشتیبانی می‌کند. عالم روشن بین و عدالتخواه شیعه با صداقت از هر گونه مداخله عناصر خارجی و نفوذ اجنبی در سیاست و اقتصاد و ارتش مملکت نکوهش می‌نماید و می‌توان گفت که با تجدید حیات حکومت به طرزی اسلامی کاملاً موافق است و به تجدد به مفهوم حکومتی آن نظر منفی و نامساعد دارد....“ از کتاب ماهیت حکومت اسلامی از دیدگاه آیت‌الله نائینی تالیف حمیدرضا مستعان.
میرزای نائینی کتاب تنبیه الامه و تنزیه الملله را در سال 1327 هـ .ق منتشر ساخت.