سلطان محمد خوارزمشاه، با وجود لشکری عظیم که در اختیار داشت، نه تنها با آن همه دعوی شجاعت یک لحظه هم در برابر سپاه مغول ایستادگی نکرد، بلکه از پیش خصم گریخت و در هیچ مکانی برای مقابله با او توقف نکرد.
پشت سر سلطان، سمرقند ویران و بخارا عرصه کشتار جمعی قرار گرفت. اهالی گرگانج بلخ قتل عام شدند، نیشابور به کلی ویران شد و این «اسکندر ثانی» ترسان و لرزان بود که همه جا از سایه مغول رَم میکرد و با فرار مفتضحانه خود، همه جا در میان رعیت تخم وحشت و هراس پراکنده میکرد و روحیه مقاومت را در مردم از بین میبرد.
گفته میشود که وحشت سلطان از مغولان مربوط به سالهای تاخت و تاز سلطان در بلاد قراختا میشود که همچون خاطرهای در یاد سلطان باقی ماند. در آن ایام یک دسته از سپاه سلطان با یک دسته از لشکر جوجی «= توشی» پسر چنگیز که در آن نواحی برای تنبیه بعضی سرکشان قوم خویش آمده بود، برخورد کرد که مشاهده جنگ آوری مغولان به شدت او را دچار خوف و نگرانی نمود. ظاهراً از همان ایام بود که سلطان در صدد دوستی با مغولان برآمد و حتی با خان مغول -
چنگیز خان - عهد کرد که تجار طرفین در هر دو کشور به آزادی تجارت نمایند.
از این رو اقدام به قتل تجار مغول، که به هر حال آز و طمع حاکم اُترار در آن بی تأثیر نبود، نزد مغول نقض عهد تلقی میشد که البته مستوجب مجازات نیز بود.
به همین دلیل وجود یأس و ترسی که سلطان از مغولان و مقابله با آنان داشت، هجوم سپاه چنگیز را به قلمروش آسان کرد.
در آن روزها که برای او جنگ با خلیفه به شدت وجودش را آکنده از نفرت کرده بود، قتل شیخ مجدالدین بغدادی از مشایخ بزرگ صوفیه نیز که این نفرت را در بین طبقات عامه مردم سرایت داده بود، گرفتن مالیاتهای سنگین و همچنین جنگها و ویرانیهای زیانبارش، همه جا، مردم را نسبت به سلطنتش ناخرسند کرده بود.
در چنان اوضاع و احوالی که او حتی به وفاداری رعایای خود اعتماد نداشت و از طرفی ترکان سپاهش هم آماده ترک کردن او بودند، چگونه میتوانست در برابر دشمنی که آوازه هجومش، او را دچار وحشت بیمار گونهای کرده بود، مقاومت کند?
به هر حال وقتی که سپاه مغول، اترار، سمرقند و بخارا را یکی پس از دیگری عرصه ویرانی و نابودی ساخت، در خوارزم، عدهای از سران سپاه خوارزمشاه که غالباً از ترکان خسته بودند، در صدد برآمدند که برای تقرب به چنگیز خان، سلطان را فرو گیرند و به دست دشمن بسپارند.
سلطان نیز، با آن زمینه روحی که داشت، با شنیدن این خبر پا به فرار گذاشت. به این ترتیب از خوارزم راه خراسان را پیش گرفت ولی چون سپاهیان چنگیز در تعقیب او بودند، از نیشابور به مازندران فرار کرد.
در بین راه ترس و تزلزل او مزید بر وحشت و ضعف روحیه امیرانش شد به طوری که آنها نیز تک تک از دور و بر سلطان متفرق شدند. سرانجام سلطان در مازندران خود را به دریا رساند. و آن جا در آبسکون «= خزر» به جزیرهای پناه برد. در آن جزیره دور افتاده، در حالی که از وحشت و هراس، عقل خود را از دست داده بود، به سختی بیمار شد تا این که عاقبت در 617 ق / 1220 م درگذشت.
از طرفی عدهای از سپاهیان مغول که در تعقیب او بودند، چون در حدود مازندران ردش را گم کردند، در تعقیب او به ولایت جبال کشیده شدند، به طوری که در جستجوی اسکندر ثانی، همه جا را به ویرانی کشیدند.
