این قانون از آنجایی ناشی می شود که 2 صفت، به طور مستقل ازیکدیگر رفتار می کنند. هر فرد F1، 4 نوع گامت تولید می کند، ry,rY,Ry,RY. این 4 نوع گامت با فراوانی های یکسان به وجود می آیند. مستقل از اینکه هر گامت چه اللی را برای شکل دانه داشته باشد، آن گامت به احتمال هر کدام از 2 الل رنگ دانه را دارد. این موضوع، فرض اصلی قانون دوم مندل، قانون جور شدن مستقل، است که بیان می کند که الل های هر ژن، مستقل از سایر ژنها به وراثت می رسند. آیا الل های دو صفت رنگ و شکل دانه، کاملاً از اصل اول مندل پیروی می کنند؟

اگر ما فقط به شکل دانه توجه کنیم، می بینیم که هموزیگوت های دارای دانه صاف با هموزیگوت های دارای دانه چروکیده در نسل Pآمیزش کردند و در F1، فقط زاده های هیپرید تولید کردند. وقتی که این زاده ها، خود لقاحی انجام می دادند، نتیجه 108+315 دانه صاف 32+101 دانه چروکیده در نسل F2است.(شکل1)

این نسبت نسبت 423:133 است که برابر با 18:1/3 می باشد که به نسبت 3:1 بسیار نزدیک است. پس ژن مربوط به شکل دانه، به صورت نرمال به وراثت می رسد. با همین روش می بینیم که ژن مربوط به رنگ دانه نیز در F2نسبتی برابر با 416:140 یا 97:1/2 تولید می کند که باز هم به 3:1 بسیار نزدیک است. پس هنگامی که دو ژن، طبق اصل جور شدن مستقل رفتار می کنند. هر کدام از آنها به تنهایی از قانون اول مندل تبعیت می کنند.از مربع پانت در( شکل 2)

می بینید که تمام حالت های فنوتیپی به غیر از هتروزیگوت نهفته، دانه های سبز و چروکیده، از نظر ژنوتیپی، به چند حالت مختلف وجود دارند. برای مثال، دانه های زرد و صاف، از ژنوتیپ های RrYy,RrYY,RRYy,RRYYممکن است ایجاد شود. کنار هم گذاشتن تمام ژنوتیپ های منجر به یک فنوتیپ، نسبت کلاسیک مندلی را به ما می دهد. برای صفات بارز کامل، یک دی هیپرید که خود لقاحی انجام می دهد، نسبت 9:3:3:1 را ایجاد می کند در صورت عدم وجود الل بارز ( الگوی بارز ناقص ) نسبت 1:2:1:2:4:2:1:2:1 ایجاد می شود. ( شکل 3 )

اگر یک صفت الگوی بارز کامل وصفت دوم الگوی بارز ناقص را نشان دهد، از خود لقاحی دی هیپریدها، چه نسبت فنوتیپی ای در F2 خواهیم داشت؟ در شکل زیر یک مثال را می بینید ( شکل 4 )