فنوتیپ های باکتریایی به سه دسته تقسیم می شوند: شکل کلونی نیاز غذایی و مقاومت دارویی

شکل کلونی :

اولین دسته تقسیم بندی شکل کلونی می باشد که شکل و ساختار، رنگ و اندازه کلونی که از یک سلول رشد می کند را در بر می گیرد. یک سلول باکتری که در یک لوله آزمایش یا پلیت به طور متوالی هر 20 دقیقه یک بار تقسیم می شود را در نظر بگیرید هر سلول یک کلونی تولید می کند پس از گذشت زمان نسبتاً کوتاهی کلونی شامل تعداد کافی سلول خواهد بود که بتوان آن را با چشم غیر مسلح دید.

مروفولوژی های متفاوتی که در بین کلونی ها دیده می شود معمولاً از طریق ژنتیک باکتری ها کنترل می شود.

( شکل زیر )

نیازهای غذایی : نیاز غذایی که دومین کلاسه تقسیم بندی باکتری ها می باشد نمایانگر یک یا چند آنزیم در مسیرهای بیوسنتز باکتری می باشد اگر یک باکتری auxotrophبه آمینو اسید سیستئین محتاج باشد در حالی که گونه پروتوتروف به آن احتیاجی ندارد پس باکتری auxotroph باید فاقد حداقل یک آنزیم عملگر در مسیر بیوسنتز سیستئین باشد.

شکل زیر پنج مرحله سنتز سیستئین را نشان می دهد. همچنین نشان می دهد هر مرحله با یک آنزیم متفاوت تنظیم می شود

همه آنزیم ها پروتئین هستند و توالی اسیدهای آمینه که آن پروتئین را می سازد توسط اطلاعاتی که در یک یا چند ژن وجود دارد کنترل می شود. یک آلل عادی یا وحشی یک پروتئین عملگر تولید می کند در حالی که یک آلل جهش یافته ممکن است منجر به تولید یک پروتئین غیر عملگر گردد. تکنیک replicaplatingکه توسط Joshua Lederbergاختراع شد یک تکنیک screeningسریع است که این امکان را فراهم می کند که auxotroph بودن یک strainداده شده را برای متابولیت خاصی به سرعت تعیین نمود. در این تکنیک، باکتری در یک محیط کشت غنی شده کشت داده می شود. کلنی های حاصل دارای اشکال بخصوص می باشند سپس پلیت محتوی کلونی ها بر روی یک Velvetاسترلیزه قرار داده می شود. سپس می توان از پلیت هایی استفاده کرد که هر کدام حاوی محیط کشتی هستند که فاقد یک یا چند متابولیت خاص می باشد Velvetبر روی هر کدام از آن ها قرار داده می شد. اگر یک کلونی بر روی محیط کشت کامل رشد کند ولی بر روی محیط کشت فاقد یک ماده غذایی رشد نکند نشان می دهد که کلونی از باکتریهایی تشکیل شده است که auxotroph هستند و به متابولیت حذف شده نیازمندند.

نیاز غذایی این سویه جزء فنوتیپ آن است باکتری auxotroph محتاج به متیونین که در شکل زیر نمایش داده شده است Methionine_minus یا Met_minusخوانده می شود

( شکل )

در مبحث منبع انرژی notationبه کار رفته معنای متفاوتی دارد. به سویه باکتری که می تواند قند گالاکتوز را به عنوان منبع انرژی مصرف کند گفته می شود و اگر نتواند آن را مصرف کند. به آن گفته می شود. نمی تواند در محیطی که فقط حاوی گالاکتوز به عنوان منبع کربن می باشد رشد کند اگر قند دیگری به جز گالاکتوز در محیط وجود داشته باشد می تواند رشد کند توجه کنید که یک برای رشد به متیوین محتاج است در حالی که یک سویه به یک منبع کربن به غیر از گالاکتوز برای رشد نیاز دارد و نمی تواند گالاکتوز را مصرف کند.