transposition می تواند چندین تاثیر بر روی فنوتیپ و ژنوتیپ موجود بگذارد اگر این فرآیند بر روی یک ژن یا پروموتر آن روی دهد می تواند منجر به قطع بیان آن ژن شود. و بنابر جهت قرار گیری transposon می تواند مانع بیان ژن ها شود. یک transposon همچنین می تواند منجر به حذف و وارونگی شود.

تکرار مستقیم بر روی یک کروموزوم می تواند بوقوع بپیوندد برای مثال بوسیله transpositionمتوالی یکIsیا transposon و در یک جهت. و به دنبال آن جفت شدن بوسیله نوترکیبی می تواند منجر به حذف قطعه بین تکرارها شود.

در مورد تکرارهای معکوس جفت شدن و در پی آن نوترکیبی منجر به وارونگی قطعه بین تکرارها می شود.

یک مورد کنترل جهت گیری transposon که در فنوتیپ باکتری ها رخ می دهد و به خوبی شناخته شده است.

در باکتری salmonella typhimurium می باشد. فلاژل این باکتری به دو صورت دیده می شود هر باکتری یکی از این دو نوع فلاژل نوع یک یا نوع دو را داراست ( به نام فلاژل فاز یک یا فلاژل فاز دو خوانده می شوند ). تفاوت آن ها در پروتئین فلاژلینی است که هر نوع فلاژل از آن ساخته شده است. فلاژل فاز یک بوسیله ژن H1ساخته می شود و فلاژل فاز دو بوسیله ژن H2 تغییر از یک فاز به فاز دیگر تقریباً با سرعت بر تقسیم سلول صورت می گیرد. پس از آنالیز ژنتیکی گسترده طرح زیر ارائه شد و بعدها بوسیله تکنیک DNA نوترکیب اصلاح شد.

ژن های H2,H1 بر روی کروموزوم باکتریایی در مکان های جدا از هم قرار دارند.

H2 قسمتی از اپرونی است که ژن rH1 را نیز در بردارد محصول rH1 بازدارندهH1 می باشد پروموتر این اپرون درونtransposon upstream اپرون قرار می گیرد. هنگامی که پروموتر در جهت مناسب قرار گرفته باشد اپرونH2 بیان می شود و نتیجه آن فلاژل فاز دو می باشد.

محصول ژن rH1 بیان ژن H1 را متوقف می کند اگر انتهاهای تکرار معکوسtransposon دستخوش نوترکیبی شوند transposon معکوس خواهد شد و منجر می شود که پروموتر در جهت نامناسب برای رونویسی اپرونH2 قرار گیرد،‌ بازدارنده H1 ساخته نخواهد شد و در نتیجه ژن H1 بیان خواهد شد.

همانطور که اخیراً توسط N.kleckner مطرح شده است transposonsمی توانند اثرات چشمگیری بوسیله اعمالشان در transposition و این واقعیت که ممکن است ژن های با ارزشی را به سلول حمل کنند بروی فنوتیپ داشته باشند. هر چند آن ها می توانند بدون داشتن اثر قابل توجهی نیز وجود داشته باشند این واقعیت منجر به این شد که ژنتیک دانان تکاملی پیشنهاد کنند کهtransposonیک واقعه تکاملی هستند که وقتی ساخته می شوند. خود محافظت کننده هستند. از آن جا که آن ها ممکن است بدون اینکه سود قابل توجهی برای فنوتیپ سلول میزبان داشته باشند وجود داشته باشند ازtransposons به عنوان DNA خودخواه یاد می شود هر چند در مطالعات تئوری و آزمایشگاهی اخیر برخی دانشمندان پیشنهاد کرده اند که transposons شایستگی زیستی باکتری هایی که آن ها را دارند افزایش می دهند