در گذشته کارهای اداری و قضایی
ارامنه جلفا در این مکان صورت می‌گرفت از تنظیم قباله ازدواج تا تعمیر و ثبت فوت و تولد و امور قضایی مثل شکایات و رسیدگی به ان انجام می‌شد این امر در حال حاضر ادامه دارد و ارامنه جلفا برای کارهای خود به این محل رفت و آمد می‌کنند . برای همین در
دیر آمناپرگیچ ساختمانی ساخته می‌شود که در حال حاضر نیز برپاست و خدمتگزاران مردم در این مکان به کارهای جامعه‌ی ارمنی در جلفا رسیدگی می‌کنند .
البته این را نیز بنا به فراموش کرد که در گذشته امور ارامنه‌ی بعضی از کشورها مثل
هند نیز در دیرآمناپرکیج حل و فصل می‌شده ولی در حال حاضر فقط به امور ارامنه‌ی جنوب ایران رسیدگی می‌کنند .
این مکان در جنوبی‌ترین قسمت دیر واقع است و سال ساخت آن به زمان سلطنت
ناصرالدین شاه باز می‌گردد .
در قسمت شرقی دیر روبروی موزه محل اسکان
اسقف و یا
خلیفه وقت ساخته شده است دو طبقه دارد که در طبقه‌ی اول وسائل و مایحتاج ذیر در آن نگهداری می‌شود و طبقه‌ی دوم محل سکونت اسقف است .
