می توانیم نواحی تکرار نشده DNA در ژنوم یوکاریوتی بررسی کنیم این مفهوم توسط R.Britten و دانشجویانش برای نخستین بار ارائه شد.

شکل 748

طبیعت سازماندهی DNA در کروموزوم های یوکاریوتی را می توان بوسیله تکنیک هیپریداسیون DNA_DNA مورد مطالعه قرار داد.

هنگامی که DNA گرم می شود، دناتوره می شود و به صورت تک رشته در می آید و هنگامی که سرد می شود دوباره به حالت اولیه باز می گردد. سرعت رناتوراسیون به غلظت تک رشته های DNA و توالی آن ها بستگی دارد به شرطی که دمای رناتوراسیون ثابت نگاه داشته شود و نمونه به قطعات کوچک و متحدالشکل شکسته شده باشد

اگر غلظت اولیه DNA تک رشته ای ( دناتوره شده ) بر حسب مول بر لیتر باشد و t زمان سپری شده بر حسب ثانیه باشد،‌حاصلضرب آن ها یک مقیاس برای رناتوراسیون بوجود می آورد که cot نامیده می شود هنگامی که نمودار cot بر حسب مقدار DNA تک رشته ای باقیمانده رسم شود منحنی که منحنی cotنامیده می شود دارای اطلاعات ویژه ای می باشد نقطه وسط که از آن به عنوان یاد می شود میزان همولوژی در DNAو یا به طور دقیق تر طول DNA یگانه در نمونه را تخمین می زند.

منظور ازDNA یگانه طولی ازDNA در نمونه است که توالی تکراری ندارد. برای مثال فرض می کنیم کروموزوم E.coli واقعاً یگانه است، در شکل زیر کسر DNA رناتوره شده در برابر cot رسم شده است.

شکل 749

همانطور که در این شکل نشان داده شده است نمونه های DNA نشان داده شده نمودارهای cot تقریباً با شکل مشابهی تولید می کنند هر چند DNAها متفاوت ( با طول های یگانه متفاوت ) به کار گرفته شده اند. هر چه بیشتر به راست می رویم اسید نوکلئیک های تک رشته ای آهسته تر رناتوره می شوند. بعلاوه می توان را به طول توالی یگانه ارتباط داد. برای مثال E.coli با کروموزوم حاوی جفت – باز، در حدود 10 دارد, رشته هایpoly U+poly A که طول یگانه آن ها فقط یک جفت – باز می باشد دارای برابر می باشند. از روی این اعداد و اعداد مربوط به اسید های نوکلئیک فاژهای T4,MS2 و سایر نمونه ها محور جفت های نوکلئوتیدی بالای شکل فوق بدست آمده است.

DNA همراه یوکاریوتی کمی دارد زیرا طول DNA یگانه آن در حدود 200 جفت – باز می باشد و از آن که مقدار این DNA به ازای هر سلول بسیار بیشتر از این ها است DNA همراه باید یکDNA Highly repititiveباشد و نسخه های بسیاری از یک توالی در برداشته باشد. براساس میزان DNA همراه موجود در یک سلول باید بیش از یک میلیون تکرار از این توالی 200 جفت – نوکلئوتیدی در آن وجود داشته باشد.

نمودار cot برای کل ژنوم یک یوکاریوت با آنچه درشکل فوق دیدیم متفاوت است منحنیcot مربوط به DNA یک موش در شکل زیر نشان داده شده است.

شکل 750

توجه کنید که این شکل در واقع از سه منحنی cot جداگانه تشکیل شده است که هر کدام با یک فلش نشان داده شده است.

براساس و درصدی از ژنوم که هر قطعه در بردارد، درجه تکرار نشدگی هر قطعه قابل تعیین است بنابراین قطعات DNA را می توان به سه نوع-یک نوع با تکرار زیاد ( مانند DNA همراه )، با تکرار متوسط DNA یگانه تقسیم بندی کرد این قطعات به ترتیب حدود %10 و %15 و %70 کلDNA موش را تشکیل می دهند

شکل 751

DNAهای همراه که تکرار بسیار زیاد دارند بیشتر در اطراف سانترومر ها و تلومرها یافت می شوند و هنوز نمی دانیم که رونویسی می شوند یا نه. DNAیگانه ژن های ساختاری را پدید می آورند و قسمت اعظم آن ها رونویسی می شود.