سومین کلاس طبقه بندی باکتری ها بر اساس فنوتیپ، مقاومت و حساسیت نسبت به داروها، فاژها و سایر عوامل محیطی است. برای مثال، پنیسیلین، آنتی بیوتیکی از تشکیل دیواره سولی باکتری در مراحل پایانی بیوسنتز جلوگیری می کند باکتری های در حال رشد را می کشد. با این وجود ما اغلب باکتری هایی را می یابیم که حتی در حضور پنیسیلین نیز رشد می کنند. این کلونی ها نسبت به داروها مقاوم هستند. مقاومت دارویی تحت کنترل عوامل ژنتیکی می باشد. در شرایط عادی فنوتیپ مقاومت به پنیسیلین (penr)در مقابل فنوتیپ حساس به پنیسیلین (pens)قرار می گیرد ( جدول زیر )

آنتی بیوتیک های فراوانی در مطالعه باکتری ها مورد استفاده قرار می گیرد. حساسیت دارویی روش دیگری برای جداسازی باکتری های جهش یافته از نظر نیاز غذایی فراهم می کند. برای مثال اگر ما به دنبال جهش یافته هایی باشیم که فاقد توانایی سنتز یک اسید آمینه مشخص ( مثلاً Met ) باشند، می توانیم تعداد زیادی باکتری کشت دهیم و سپس آن ها را در محیطی قرار دهیم که فاقد آن اسید آمینه و حاوی پنی سیلین باشد در این جا هر سلول در حال رشد خواهد مرد ولی باکتری های رشد نخواهند کرد و بنابراین نخواهند مرد. سپس می توان پنی سیلین را شست و باکتری ها را به یک محیط کشت غنی شده انتقال می دهیم کلونی ها که بوجود می آیند هستند.

مطالعه مقاومت نسبته به فاژها مشابه مقاومت نسبت به داروها است وقتی باکتری ها در محیطی قرار داده شوند که محتوی فاژ می باشد فقط باکتری هایی که نسبت به آن مقاومند رشد کرده و تولید کلونی می کنند و بنابراین می توانند جدا شده و مورد مطالعه قرار گیرند.

در رابطه با فنوتیپ های ویروسی فقط فنوتیپ های باکتریوفاژها را مورد بررسی قرار می دهیم که به دو دسته تقسیم می شوند plaque morphology و مشخصات رشد در گونه های باکتریایی مختلف برای مثال، یکی از فاژهای E.coli پلاک هایی تولید می کند که لبه های کاملاً کدر دارند . جهش یافته های(genotype r),rapid_lysisپلاک های بزرگت با لبه های گرد تولید می کنند که نیمه شفاف می باشد.

به طور مشابه فاژ دیگرE.coliدارای جهش یافته هایrapid_lysis می باشد که پلاک های بزرگ، لبه نیمه شفاف درE.coliB تولید می کند ولی درE.coliK12، سویه دیگر ، رشد نمی کند بنابراین جهش یافته های Rapid_lysis هم فنوتیپ مورفولوژی کلونی را نشان می دهند و هم فنوتیپ محدودیت رشد فاژها را.