پس از طراحی سیستم حسابداری در مرحله این مرحله ، سیستم به اجرا گذاشته می شود . اجرای
سیستم حسابداری جدید یعنی جایگزین
سیستم جدید به جای سیستم قبلی . اجرای یک سیستم نسبتا پیچیده
حسابداری ماهها طول می کشد و این کار با صرف وقت و دقت و حوصله کافی و برنامه خاص زمانبندی صورت می گیرد .
برای اطمینان از اینکه سیستم جدید می تواند جایگزین سیستم قبلی شود بهتر است برای مدتی دو سیستم به صورت همزمان اجرا شوند . این روش را
روش اجرای موازی می گویند .
در برخی از موارد که اجرای موازی سیستم عملی نبوده و یا احیانا وقت گیر و پرهزینه است ، می توان از اطلاعات گذشته و یا حتی اطلاعات غیر واقعی سیستم را و نتایج حاصل از اجرای سیستم را ارزیابی نمود ، این روش را
روش اجرای آزمایشی گویند .